Может быть я ошибаюсь, но если и есть разумное объяснение этому, то оно такое: микроскоп, микромиллиметр, микрофон - это просто имена существительные, а Майкрософт - это ещё и перевод названия фирмы, а имена, названия фирм и тому подобное переводятся и пишутся немного по-другому принципу, чем остальные слова.