Чтобы установить счётчики или логотип, менять дизайн не надо. Надо зайтив админ-панель и там добавить нужный код счётчика.
Если Вас не устраивают "способы поумолчанию", то дизайн меняется в папке qa-theme. Там выбираете нужную папку и меняете, что считаете нужным. Стили находятся в файле qa-styles.css, всё остальное можно изменить добавляя нужные функции и т.п. в файл qa-theme.php