Тут зависит от того, что вы желаете и больше выберете.
Например, газовый потребляет намного больше кислорода и выделяет углекислый газ, чем электрический, который практически это не делает. Но цена использования электрического тока, для электрического водонагревателя, обычно выше цены газа, который нужен для газового нагревателя.